由于受生态条件、气象因素等影响 ， 棉花苗期病虫具有种类多 ， 发展快 ， 危害重的特点 ， 经常会造成棉田缺苗断垄 ， 严重时大片死亡 。 发生的病害主要有黑根病、红腐病、立枯病、炭疽病、棉蚜、地老虎等 。 防治时应当适时科学用药进行综合防治 。
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1.农业措施：棉花栽培应选用优质、高产、耐病品种适期播种；其次要加强管理 ， 增施基肥 ， 早间苗、及时定苗 ， 旱季加强灌水 ， 雨后要深中耕、以提高地温 ， 降低土壤湿度 ， 增强土壤通气；三要净化棉田及棉田四周杂草 ， 减少病虫源数量 。
【种棉花苗期病虫的防治】2.早防苗病：棉苗在初发病期可选用50%多菌灵可湿性粉600倍或70%甲托可湿性粉800倍喷雾防治；发病较重的田块可用40%多菌灵胶悬剂或65%代森锰锌可湿性粉剂隔一周喷一次 ， 连喷2次 。
3.科学治蚜：夏收后大量天敌从麦田迁飞到棉田 ， 此时可减少化学农药的使用 ， 充分发挥天敌对蚜虫的控制作用 。 蚜虫发生严重时 ， 可用10%吡虫啉可湿性粉剂1500倍液或50%抗蚜威可湿性粉剂1000倍液喷防 ， 同时注意交替用药 ， 减缓抗性产生 。
4.防治地老虎：在棉田有老虎危害时 ， 可用50%的辛硫磷50克对水1公斤喷拌在5公斤炒香的麦麸或碎棉籽饼上 ， 制成毒饵 ， 傍晚顺垄撒施 ， 诱杀幼虫；或用20%速灭杀丁1500倍液或50%辛硫磷1500倍液或用800倍功夫加800倍敌杀死喷雾防治 。
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