天麻腐烂的原因有：连年使用填料、填料含水量过多、菌材受杂菌感染 。 天麻主要的虫害为伪叶甲， 可捕杀或药杀 。
5.采收 天麻生长期较长， 一般在秋末冬初收获， 收获时将各类天麻分开， 箭麻除留种外， 其余加工或药材， 一般小白麻宜作种麻 。 不立即栽培的种麻， 应去掉尾部营养繁殖茎， 凉干1～2天， 用木箱保存 。 保存方法如下：铺一层种麻， 再覆一层黄砂， 再放一层种麻， 如此上放4～5层 。 木箱应放置在冬季低温达4℃的地面 。 冬眠后天麻生长力较强， 应勤视察， 若表面3～5厘米的砂干了， 应适量喷水， 以防天麻干缩， 洒水要少而匀， 过重过勤会使天麻腐烂 。 一般地面保存的种麻在4月上旬普遍发芽， 所以在地面保存45～60天更有利于天麻的生长 。
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