弗洛林（1948）根据雌球花具单独顶生的胚珠，将红豆杉科提升到目 。 而h.梅尔希奥等人（1954）则将红豆杉目提升为红豆杉纲（taxopsida） 。 但这个观点未得到分类、形态、解剖、胚胎、细胞、生化和植物化学家的支持，他们几乎都从各自的研究证明红豆杉科应隶属于松杉纲（或目），其亲缘关系与三尖杉科和罗汉松科密切 。 红豆杉科的胚珠并非真正的顶生而是假顶生，单独的胚珠是松杉植物雌球花演化的最后阶段 。
在中国植物志中，红豆杉科分为3个族：①红豆杉族（taxeae），球花单生叶腋，雌球花有短梗或近无梗，雄球花近球形，不组成穗状花序，雄蕊的花药辐射状排列；种子生于杯状肉质假种皮中，上部露出，当年成熟；叶螺旋状排列，不规则两列或列成二列，上面有明显的中脉，叶内无树脂道 。 包含红豆杉属与白豆杉属 。 ②穗花杉族（amentotaxeae），雌球花单生苞腋或叶腋，有长梗；雄球花在轴上交互对生，排成穗状花序，2～6序集生于枝端，雄蕊的花药向外一边排列；种子包于囊状肉质假种皮中，仅顶端尖头露出，翌年成熟；叶交互对生，排成二列，上面中脉隆起，叶内有树脂道 。 仅包含穗花杉属 。 ③榧树族（torreyeae），雌球花成对生于叶腋，无梗；雄球花单生叶腋，雄蕊的花药向外一边排列；种子全部包于肉质假种皮内，当年成熟；叶交互对生，排成二列，上面中脉不明显，下面的气孔带极窄，叶内有树脂道 。 仅包含榧树属 。
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