不过，思念故国，收复失地，是南宋时期爱国主义的主题，《清明上河图》成为了表现这一主题的重要艺术作品 。 随着人们怀念汴京之情的日益强烈，这幅画的社会意义和精神价值也不断提高，于是有摹本开始出现，摹本所绘，人物愈多，事物愈繁，笔路愈细，价格也不断攀升 。 总之，南宋以后，描摹仿绘者就代不乏人 。
据说，元代时《清明上河图》的真迹曾被重新收入皇宫，但不久就被翰林学士赵孟頫用赝品调包而盗了出来 。 也有人说，元宫真迹是被一装裱匠用临摹本换了出来，并随即卖给了一位酷爱书画的显官 。 至正十一年(1351)，江苏泰和人杨准购到此画，曾将此画的流落经过录于图后 。 明代弘治年间，画落到大理寺卿朱文徵手中，常与文人雅士共赏，李祁、吴宽等人落有题跋 。 正德年间，画为文渊阁大学士李东阳所得，他在图后二次书写长篇跋文，对画推崇备至，评价极高 。 到嘉靖年间，画转至兵部尚书陆完的手中，他亦作跋留念 。 此后为奸臣严嵩搞到，隆庆时，严家被抄 。 此画再度收入皇宫 。 传说，一小太监打开内府藏阁的箱子，盗画后正欲逃走，却撞见来人，只好将画藏在御花园的石罅中，不料当晚天降暴雨，接连二日三夜不停，石罅被水淹没 。 等到雨停水退，小太监再来取时，一代名画已糜烂不可复理 。 此画真迹遭此灭顶之灾而失传，钱谦益《牧斋初学记》诸书对此事有较详的记载 。
也有人认为，此画真迹遭毁是个谎言，实为一个叫冯保的太监从宫中偷走，为掩人耳目便捏造了这个故事 。 万历六年(1578)，冯保在图后题跋，称自己为“钦差总督东厂官校办事兼掌御用干事司礼监太监” 。 以后，此画又被变卖，清乾隆年间，为学者型官员毕沅购得，其弟毕泷也极赞赏，画上钤有兄弟二人的印记 。 毕沅死后，毕家被抄，此画遂入清宫，收在迎春阁内，乾隆加以题跋，嘉庆也对其珍爱有加 。 1911年后，末代皇帝溥仪以赏弟弟溥杰为名，盗出宫外 。 1932年，建立伪满洲国，此画又来到长春的伪皇宫东院图书楼中 。 1945年，日本战败，伪满皇宫失火遭劫，大批文物失散，包括此画 。 第二年，解放军攻下长春，收集到伪满失散的珍贵字画十余幅，其中就有《清明上河图》，此画最后调入北京故宫博物院 。 可惜，相传徽宗所题五个字画名的御书题签，及皇帝专门用以收藏艺术品的双龙小印，到明朝中叶就已亡佚，今日不复可见 。 也有学者认为，本来就没有宋徽宗的题签 。
上述有关《清明上河图》真迹的流传历史，其实只是许多种说法中的一种 。 由于摹本与真迹时或难分真伪，所以其流传过程扑朔迷离，众说纷纭，还有许多流传国外者 。 据有关资料统计，仅清代皇宫所藏摹本就有十二幅，溥仪曾将其中四幅赠给胞弟溥杰 。 目前国内外公私所藏的《清明上河图》有三十多幅，大陆藏十余幅，台湾藏有九幅，美国藏有五幅，法国藏有四幅，英国和日本各藏有一幅 。 至于流传到社会上还有多少幅，没有人能弄清楚 。 究竟哪一本是张择端的真迹？书画界与学术界经过长期探讨，目标已集中在分别收藏于台湾、北京和美国纽约的三本《清明上河图》 。
台湾学者刘渊临认为，收藏于台湾故宫博物院的《清明易简图》，图上有张择端的亲笔题款“翰林画史臣张择端进呈”，因而是“道地的真本” 。 学者郑振铎、徐邦达认为，收藏于北京故宫博物院的《石渠宝笈三编》注录本《清明上河图》，从宋至今的流传经过头绪清楚，有关题跋、印鉴也都历历在目，此画具有浓郁的北宋画风，应是张择端的真迹 。 而学者董作宾则认为，美国孟义君得自于抗战胜利后之北平的《清明上河图》，有北宋宣和年间的特殊证迹，认为该图是张择端献给皇帝的真迹，定为“元秘府本”，现藏纽约的博物馆 。
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