其“三当斩”和“四当斩”，毛文龙有水师海船，也作海上贸易，因为就朝廷那点军饷还时常被克扣和拖欠根本不够，毛文龙从天启元年（1621年）到敌后开创东江镇几乎没有军饷粮饷，毛文龙死前上书崇祯还说明了八年只领了三次饷,一共120多万两银子，而袁崇焕一出关就有480万辽饷、米180万，另发内帑120万、铠甲40万具，红夷大炮10门，其他弓箭军械无数……这能比吗？ 其“九当斩”，此条完全查无实据，纯属袁崇焕捏造 。 拜魏忠贤为父一事完全没有任何证据，仅见于袁崇焕一人所说，袁崇焕杀毛文龙后朝中亦为此哗然 。 而且即使要“塑冕旒像”也应该在登州等繁华之地，塑于荒岛岂不可笑，这个所谓的魏忠贤生祠，也从来没有人见过，只有袁崇焕一人认定此生祠的存在 。
总之，袁崇焕为毛文龙定的这些罪名，比之崇祯为袁崇焕定的罪名，更加无稽 。 而毛文龙生前对后金的牵制作用，是得到历任辽东督师的充分肯定的 。
“管铁骑营加衔都司毛文龙，弃儒从戎，志期灭虏，设防宽叆，凡夷地山川险阻之形，靡不洞悉；兵家攻守奇正之法，无不精通，实武牟中之有心机，有识见，有胆略，有作为者，岂能多得！” ——经略辽东兵部右侍郎兼右佥都御史 熊延弼
“文龙以孤剑临豺狼之穴，飘泊于风涛波浪之中，力能结属国，总离人，且屯且战，以屡挫枭酋 。 且其志欲从臣之请，牵其尾，捣其巢 。 世人巽软观望惴惴于自守不能者，独以为可擒与，真足以激发天下英雄之义胆，顿令缩项敛足者惭死无地 。 ”——督理辽东军务大学士 孙承宗
即使是对毛文龙战绩不满的兵部，给出的评价也是：“毛文龙灭奴虽不足，牵奴则有余 。 ”
袁崇焕擅斩毛文龙的重要原因，就是要统一指挥权，那么毛文龙死后东江镇是什么情况的呢？东江镇兵力二万八千被袁崇焕分为四协，以文龙子承祚、副将陈继盛、参将徐敷奏、游击刘兴祚主之 。 其中毛文龙之子毛承祚才17岁，经验不足，而刘兴祚为从后金叛逃回来的汉军，由于向袁崇焕诬告毛文龙有降清之心得到提拔，是袁崇焕强行安插进入东江镇的一颗钉子，东江镇的实际掌权者其实是毛文龙的女婿陈继盛，问题是陈继盛即便管不到刘兴治，刘兴治更别想管到陈继盛 。 毛文龙死后，陈继盛也还干得不错，但仅一年后，崇祯3年4月，刘兴祚、刘兴治兄弟叛乱，杀陈继盛及钦差通判刘应鹤等官及其军卒百余人，然后投奔后金 。 东江镇自此不可收拾 。 后金失去了东江镇的牵制，迅速开始南侵，10月入关围北京城 。
东江镇的垮台，同时还带来了两个恶劣的后果：
1、正一品的武将随便就被杀，没有任何安全感，大明武将变得非常敏感，其后袁崇焕和武将满桂闹到不可收拾，满桂最后在金銮殿上向崇祯哭诉袁崇焕要杀他），成为压倒袁崇焕的最后一根稻草，除了平时满桂和袁崇焕的积怨，我认为也有毛文龙事件的心理影响 。
2、东江镇混乱以后，由于长期的矛盾，不少东江武将相继叛乱，最后竟投入后金 。 东江士卒，多于后金所略之地的辽人，和后金多有家破人亡的刻骨仇恨，当皇太极继位后，大肆笼络汉人，东江叛将竟能投降后金，与辽东守军的矛盾可见一斑 。 投降的人中，最有名的就是东江三矿徒（这三个武将都当过矿工）：尚可喜、耿仲明、孔有德 。 孔有德因为死得早，名气稍差，耿仲明也是死得早，爵位被孙子世袭了，其孙子叫耿精忠 。 不用说了吧，康熙年间三藩之乱的两个主角就在这里了 。 他们投入后金以后发挥了重要的作用，比如尚可喜，他投入后金以后，他的水师成为清军水师的核心力量，干翻了残余东江水师，还把大明的辽西、北直隶和山东水师也拍得不敢出港 。
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