铁皮石斛在生长的过程中，经常会受到病虫侵害，因此，正确而又及时的防治可以减少病虫对作物的侵害 。 铁皮石斛主要有以下几种病害：根腐病、黑斑病和炭疽病等，针对不同的病害，采取不同的防治措施 。 如根腐病，其主要发生在多雨的季节，首先导致其根部腐烂，然后，慢慢地致使上部枯萎；其相应的防治方法：在作物种植前，将物种用25%多菌灵100倍可湿性粉剂浸泡适当的时间 。
黑斑病主要流行于低温多雨时节的状态下，其主要危害在于作物的叶和叶柄，从而可使叶片枯萎；其相应的防治方法：采用51%多菌灵1 000倍液对铁皮石斛进行喷施，一般情况下，喷施1～2次基本上能防治 。 炭疽病主要危害在于叶片以及肉质茎，叶片初发病时，呈黑色，后期慢慢使整片叶枯焦和脱落，最后导致作物死亡；其相应的防治方法：初期病害时，可采用剪枝的方式将其去掉，也可以采用1∶1∶200倍波尔多液对作物进行喷雾防治 。
采收
铁皮石斛采收的最佳时间大约在种植后2～3a，最合适的采收时间在第3 a 。 一般情况下，采收采用原则是以“去三留二”，即铁皮石斛在3 a或3a以上的茎干对其进行采收，3 a以下的茎干对其预留，以供后期繁殖生长 。 应在收获后，注意及时喷洒保护性杀菌剂以预防疾病的发生 。
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