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首先，疫苗按性质可分为灭活疫苗和减毒活疫苗等 。
灭活疫苗是用灭活的病原微生物或其代谢产物制成的，病毒在细胞内生长繁殖后 ， 通过加入化学药品使其失去致病能力（灭活），但仍保留了免疫原性 ， 将灭活的细菌或病毒通过各种方法进行纯化，再以合适的佐剂吸附而制成疫苗 。灭活疫苗的优点在于进入人体后可直接引起免疫应答，不能生长繁殖 ， 相对比较安全、稳定，但需多次注射 ， 才能产生比较牢固的免疫力 。百日咳疫苗、白喉类毒素、破伤风类毒素混合制剂、流行性乙型脑炎灭活疫苗等属于这一类制剂 ， 基因工程重组抗原疫苗（如乙型肝炎病毒疫苗）亦属于此类 。
减毒活疫苗是用人工减毒或从自然界筛选的无毒株制备的疫苗 。减毒活疫苗接种于人体后，在适当的组织系统中有限度或短暂地增殖，类似一次轻型的人工自然感染过程 ， 从而引起与传染病相类似的免疫应答 ， 但不会发病 。减毒活疫苗的优点是在人体内作用时间长 ， 所需接种的次数少 ， 可以产生比较牢固的免疫力 。缺点是减毒活疫苗对热不稳定，通常需制成冻干制剂，不易保存和运输 。口服脊髓灰质炎减毒活疫苗、麻疹减毒活疫苗 ， 都属于这一类制剂 。

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