改良自交系最常用的方法是回交转育法， 回交转育法就是以被改良的自交系为轮回亲本， 以目的基因供体亲本为非轮回亲本， 经过5代以上的回交改良和1～2代的自交稳定后， 就可以育成新的改良自交系 。 回交效果的好坏同目标性状的遗传方式有关， 一般回交法对简单性状或单基因控制的性状以及细胞质遗传性状最有效， 对复杂性状效果差 。 回交法在选择供体亲本时要注意主要的目标性状不要有连锁累赘， 还要注意选择具有相同杂种优势取向的优良自交系， 防止改良了原有的不良性状又带来了新的不良性状， 以及造成配合力下降等问题发生 。 回交后代也应该进行配合力测定， 在不同的秭妹系中选择配合力高的应用 。
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玉米杂交种的选育
杂交种的选育就是将自交系或其他优良亲本材料组配成杂交组合， 通过测交鉴定、品种比较和各类品种比较试验选育出符合育种目标要求的强优势杂交种：
1、杂交种的自交系选育：自交系的选育已经为杂交种选育提供了大量参考资料和信息 。 在应用一组优良自交系选育杂交种之前， 需要对所使用的亲本有较详细的了解， 并遵照某些原则在亲本间组配：亲缘关系远， 地理差异大， 例如采用国外系x国内系的组配模式已经被国内育种家广泛认识 。 类型有差异， 性状要互补， 类型间的差异通常反应了基因型的差异， 性状互补更加重要， 特别是重要的抗性性状， 至少在亲本之一中要存在 。 农艺性状和种子生产性能好， 这对于新杂交种的应用极为重要 。 配合力要高， 这是最基本的条件之一， 特别是产量性状的配合力要高 。
2、杂交种的选育技术简单：单交种的组配除了育种者根据自己的经验选配亲本之外， 通常采用最多的方法有两种：
①轮配法：单交组合数＝P（P－1）/2， 其中的P为亲本数 。
②骨干系法：单交组合数＝M×N， 即将自交系分为M、N两组 。 在组间做可能的杂交， 其中一组为骨干自交系组成， 另一组为新自交系组成 。 这种方法通常最为有效 。
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