正史中未载司马迁卒年，有人认为这是司马迁善终的证明，也有人认为这恰恰说明司马迁死得不明不白，大有疑问 。 《史记·集解》引东汉学者卫宏《汉旧仪注》云：“司马迁作景帝本纪，极言其短，及武帝过，武帝轻而削去之 。 后坐举李陵，李陵降匈奴，故下蚕室 。 有怨言，下狱死” 。 葛洪《西京杂记》也有相类似的记载 。 有人据此认为司马迁是因作《报任安书》而死的，且死在《作任书》的当年 。 （据王国维考证《报任安书》作于太初四年）郭沫若认为司马迁下狱的事世上必有流传，故卫宏、葛洪均笔之于书 。 卫宏和葛洪都是当时颇有名望的大学问家，不会无中生有， 歪曲事实 。 班固在《汉书·司马迁传》的“赞”中叹息“以迁之博物智闻而不能以知自全”，悲其“既陷极刑”防腐刑）之后，又不“能自保其身”，这说明司马迁不是自然之死 。 《汉书》载司马迁被刑之后，又“尊宠任职”，为中书令（皇帝的御用秘书）可说是“载卿相之列” 。 郭沫若认为《盐铁论·周秦篇》中的既“下蚕室”而后又“就刀锯”，就是暗指司马迁的再度下狱致死之事 。
对此，有的学者则提出异议 。 目前尚存有关卫宏提及太史令和司马迁行事的记载，共有四条，经考证，至少有两条不符合史实，故卫宏说司马迁“下狱死”一事，殆不可信，至少也是孤证 。 古人认为“身体发联受之父母，不敢毁伤” 。 《汉书》叹司马迁“既陷极刑”，不“能自保其身”，应当从古人的这种含义上来理解 。 《盐铁论·周秦篇》文学之言与司马迁根本风马牛不相及，“下蚕室”之后又“就刀锯”，原意只是指一种刑罚所造成的社会不良风气，乃证明汉武帝严峻之法的无效，不能解释为司马迁两次下狱 。
也有人认为司马迁可能死于汉武帝晚年的“巫蛊之狱” 。 巫蛊案发主于征和元年，身为巫蛊使者的江充与卫太子有怨，恐武帝晏驾后为太子所诛，遂大开杀戒以借机剪除太子 。 太子杀江充后自杀，武帝穷治巫蛊之狱，转而穷治大子死之狱，一直到征和四年，前后死者达十几万，司马迁的好友任安 。 就是“巫蛊之狱”的殉难者之一 。 这场灾难，录及到当时许多文武官员，司马迁恐怕也难以幸免 。 又据《史记》记事内容分析，太初四年至征和二年还有记事，征和一年后无记事，司马迁很可能是《汉书》所云“巫蛊之祸，流及士大夫”的牺牲者 。
还有人主张司马迁死于武帝之后，《史记》各篇里有汉世宗的溢号“武帝” 。 “武帝”系汉世宗刘彻死后，后人所追封，如司马迁死在武帝之前，怎么会知道这溢号呢？有人考证司马迁《报任安书》作于征和二年十一月，距武帝骂崩仅4年，从《报任安书》的内容来看，知道当时《史记》尚未全部完成，此后必有修整补辑，故涉及到武帝的地方，改称溢号，则不足为奇了 。
总之，司马迁到底是“有怨言，下狱死”或者为“巫蛊之狱”所累及，还是平安地活到武帝之后，寿终正寝，目前尚无明文信史作依据，有待于今后新的发现和进一步研究 。
司马迁最后怎么死的，有确切的说法吗？ 史书中并未记载司马迁最终是如何去世的，但今人根据史料记载，只能基本判定他死在汉武帝之前，死因不明 。
司马迁受宫刑之后一直担任中书令的官职 。 现有的资料似乎可以表明，汉武帝最后一年，在中书令位置上的，是一个叫郭穰的人 。 这就是说，司马迁当时已经离开了中书令的职位 。
那时他还未到60岁，不像是告老离去，所以很可能是死于任上，导致中书令的职务另易他人 。
学者王国维写道：“史公卒年虽未可遽知，然视为与武帝相始终，当无大误也 。 ”总之，司马迁大概死得比武帝略微早一点 。
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