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装袋一般采用机械装袋 ， 少量可采用手工装袋 。 常用17cm×33cm的低压聚乙烯短袋或12cm×45cm的长袋 。 无论机械装袋 ， 还是手工装袋 ， 必须做到：快速、松紧适度 ， 袋口密封 ， 轻拿轻放 。
灭菌注意事项：
灭菌常采用常压灭菌方式 。 17cm×33cm的短菌袋灭菌时最好装在铁筐中或摆放在蒸锅内的架子上;12cm×45cm的长菌袋灭菌时料袋依长向平放 ， 摆 成“#”字重叠排列 ， 行间距3厘米 ， 便于内部空气流通 。 然后用塑料布和棉被将锅封严 ， 待菌袋内温度达100℃后 ， 保持12-16小时以上 。 灭菌后当菌袋温 度降到60℃以下时趁热出锅 ， 将菌袋送入接种室进行冷却 。
接种需要注意：
待袋中料的温度降至30℃以下时 ， 就可进行接种 。
接种必须做到无菌操作 ， 在接种室或接种箱中完成 。
短菌袋接种程序为：将冷却的菌袋放入无菌接种箱内;菌种瓶外壁用75%酒精擦拭消毒后也放入接种箱内 ， 在点燃酒精灯的无菌区内 ， 使瓶口对着袋口 ， 将菌种均 匀地撒在袋内料表面上 ， 形成一薄层 ， 这样黑木耳菌丝萌发快 ， 抢先占领料面 ， 以抑制杂菌侵染 。 装袋时使用锥形塑料插棒的 ， 可将塑料插棒拔出 ， 把菌种接到插棒 留下的洞中 ， 这样菌种由内向外生长 ， 发菌会更快 。 一般每瓶菌种可接30袋左右 。
长菌袋的接种采用打穴接种法 ， 即在无菌接种室内 ， 在菌袋一侧打直径1.2厘米、深2厘米的穴 ， 快速接上菌种块 ， 随后立即用胶带封口 ， 要求打穴、接种、封口快速准确 。
发菌管理的技术要点：
短菌袋接菌后要放在消毒后的培养架上发菌 ， 培养架每层之间的高度为35cm左右 。 培养初期 ， 袋应直立整齐摆放 ， 袋间留有适当的距离 ， 待菌丝伸入培养料内 后 ， 可以将袋底相对 ， 口朝外 ， 卧放2行 ， 上下迭叠4排 。 无培养架的培养室 ， 可将菌袋摆放成菌墙进行发菌 ， 一般摆放6-8层;菌墙之间留有人行道 。 长菌袋发 菌时将培养袋摆成“#”形 ， 高10层左右 。 初期四个菌袋一层 ， 每垛间要留有适当的距离 ， 随着温度的升高可改为三个一层或两个一层 。
发菌前期 ， 即接种后15天内 ， 培养室的温度适当低些 ， 保持在20℃～22℃ ， 使刚接种的菌丝慢慢恢复生长 ， 菌丝粗壮有生命力 ， 能减少杂菌污染 。 发菌中期 ， 即接种15天后 ， 黑木耳菌丝生长已占优势 ， 将温度升高到25℃左右 ， 加快发菌速度 。 发菌后期 ， 当菌丝快发满 ， 即培养将结束的10天内 ， 再把温度降至 18℃～22℃ ， 菌丝在较低温度下生长得健壮 ， 营养分解吸收充分 。 这样培养出的菌袋出耳早 ， 分化快 ， 抗病力强 ， 产量高 。
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发菌期间菌袋内的温度必须一直控制在32℃以下 ， 温度测量以上数第二层和最下层为准 。 培养室的空气相对湿度一般保持在55%～65%之间 。 黑木耳在菌丝培 养阶段不需要光线 ， 培养室的窗户、通风孔要遮光 ， 使室内光线接近黑暗 。 培养室每天要通风20～30分钟 。 保证有足够的氧气来维持黑木耳菌丝正常的代谢作 用 。 后期 ， 更要增加通风时间和次数 ， 保持培养室内空气新鲜 。
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