赵无极在路上把齐王遇刺的消息告诉了皇帝，皇帝非常愤怒，命令赵无极追查此事。赵无极把齐王送到乾隆府。途中，齐王希望赵无极能帮他找到自己的侍女苏逸庆。赵无极应该咬一口。当刘基和皇后得知皇帝知道了这件事，并决心追究这件事时，他们陷入了混乱，因为一旦皇帝知道他们是齐王的幕后黑手，刘基和皇后都会失去理智。这时，皇后和刘基不得不采取守口如瓶的策略。他们决定清除自己犯罪的痕迹，稳定齐王，避免更多的麻烦。
在通州村，从悬崖上摔下来的沈、苏逸庆没有死，而是被路过的村民救了出来。苏溢出去北京后马上就醒了。被箭射伤的申被送到义光，他的父亲是义光的老朋友。这时，处理善后的方毅来到通州，追查沈和苏的下落。刚从老乡家出来的苏逸庆，被他们发现了。就在苏一清无可奈何，即将被抓的时候，赵无极委派的东厂特务来救她。沈就没那么幸运了。方毅去怡广没发现什么，恼羞成怒。他用火烧了一光。申和他父亲的老朋友躲在地下室里，强迫他们在冒烟的大火中幸存下来，直到他们昏过去。沈睁开眼睛，看到了父亲。沈知道，因为爱子的缘故，义光被火烧死了一个弟子，他为自己的老朋友感到羞耻，打了他几巴掌。旁边的仆人赶紧过来劝阻。毕竟沈的箭伤还没有痊愈。沈想去找他父亲的弟子严一栋，请他帮忙加入六扇门。深谙官场险恶的沈坚决不同意。让他保留家当，做个好地主才是王道。这时，严一栋赶到通州沈家，要求沈老爷帮忙破案，以处理刑部的命令。
验尸时，沈发现死者身上的致命伤是肋骨上的刀伤。根据沈的黑牙，判断此人应该是吸食鸦片成瘾。下体的阉割和脸上纵横交错的刀伤，只是为了掩人耳目，迷惑人心，扰乱抓捕办案的思路。因此，沈让人去查查最近宫里有没有失踪的公公。
来到乾隆府后，王琦让手下人帮他拒绝了许多大臣的会面要求，但刘基不顾阻挠，坚持要见王琦。齐王遇到刘基。刘基说找到了杀害齐王的凶手，让齐王和他一起去查。但齐王和刘基一起入狱时，只看到几具面目全非的尸体。刘基和他的锦衣卫都命令刘瑾互相配合，充当双簧，把刺杀齐王的罪责推到绿林好汉身上。大名鼎鼎的齐王识破了他们耍的花招，却没有当场揭穿。看到齐王态度暧昧，刘基决定清除自己追求齐王的痕迹。因此，方毅的前雇员孙淦被派去杀方毅，他答应在工作完成后有一百个职位来接替方毅。悬赏之下，必有勇者。孙淦无视过去的友谊，在方毅寻找沈李星筋疲力尽的时候，他残忍地杀死了方毅，并拿出方毅上象征百户身份的铭牌，取而代之。
【齐王 六扇门分集剧情介绍大结局】苏溢清来到了京城，找到了齐王，向其引荐一路帮助自己化名为程咬金的申力行，希望齐王把此人当做京城的心腹。齐王答应要找到申力行以报恩，但是却没有发展自己在京城的势力的想法，他决定安心回到济南做自己的藩王。此时，赵无极上门求见，齐王向赵无极表达了自己想要离京的想法，希望赵公公派人帮忙护送，而赵无极告诉齐王朱见溢，一旦离开京城，那就必死无疑。
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