明朝成化六年，朝廷下大力气修建西山佛阁。程万里连夜奏笔，阐述“四面八方都是干，五谷麦子不爬，百姓饥肠辘辘，万物皆有。今天，开始一份无名的工作是一项紧迫的任务。这是国家使用的浪费，而且还有治愈身体的伤口……”皇帝看了他的奏章，觉得有道理，采纳了他的建议，放弃了建设，下令立即停工。又调任尚书右参议，进左，并升至右侍郎的职位。
成化七年，京师地区发生大饥荒。皇帝下令在北京太仓使用粮食救灾。程万里关心百姓，严守法纪，严厉打击犯罪，严禁个人私利的发生，对真正需要的灾民一个个送去食物，最终达到了“利国利民”的成功。同年10月，为疏通通惠河老运河，程万里与丁洋、乔伊等人千里迢迢，历时数月，对老运河进行了一条条苦心探索，制定了合理的疏浚方案，工程顺利实施，效果良好。
成化九年，哈密城被吐鲁番总督塔纳里占领。程万里、文立、郑桐巡抚刘问等人，传令到甘肃哈密，劝说起义军回心转意，俯首称臣。程万里始终维护大明江山的统一和皇帝的权威，立场坚定。首先，他很有耐心，也很有说服力，他说如果你想清楚，历史上反叛朝廷的人中，有哪些人的后代是朝廷的官员，他们反叛的官员最终都被毁了。如果你反抗朝廷，谁会信任你？人民会信任你吗？二是调兵遣将，重兵封锁包围哈密城，施加压力，迫使投降。程说:朝廷有几千军队，几百名兵。你吐鲁番只是沧海一粟。如果你敢反抗，你将毫无理由地被摧毁。该由你来选择走哪条路。结果，在巨大的军事和政治压力下，叛军最终改变了主意，修改了书籍，并发誓维护朝廷的统一，忠诚地为皇帝服务，永不叛变。不难看出，程万里不仅是朝廷中的一名文官，更是展现了一位杰出的政治家和军事家的才华。程万里被提升为住房和城乡建设部左助理部长。程万里的所作所为赢得了朝廷的称赞，尤其是明宪宗亲口说:“中华人民共和国部侍郎程万里，生于司，入司机关报，敢言咸出于忠，举策更慎而不动，治河略多。他与游伟共事，名声好，业绩突出，值得称赞和厚待，理应受到的宠爱...
成化十三年，官党得势，鼓动皇帝在东厂之外另设西厂。宦官知望被用作提督。他专横、无情、狡猾，权力超过了东昌。民间琐事被重罚，几十个官员或大臣被瓦解。程万里给战争历史部长仲翔写了一封信，建议他组织举报知望等人。仲翔转身与礼部侍郎殷敏商议。没想到，殷敏把信寄到了知望。王见是所书，得知兵部意图，遂预先下手。仲翔被监禁，程万里受到迫害。程万里虽然执法严明，为人正直，但仍为朝廷宦官汉奸所忌，被迫入狱。他不喜欢官场的阴暗面。成化壬寅年，程万里愤然辞官，带着兵部尚书、财政部尚书、吏部尚书、左春芳、文渊阁大学士、寺中大学士、内阁首辅鲁尚等高官回国。很快，西厂的麻烦暴露了，《知望法外》也暴露了，知望终于被声讨死了。西厂关闭后，“朝臣举荐”程万里等人返回朝廷。但是程一直在里面安安静静的，并没有要复职的意思。
当官20多年的程万里回到家乡，定居在南县巴郎湖畔的太阳山。他写了自己的一本书《三杯薄酒常醉，一阵清风安眠》。欢迎亲朋好友，以诗酒自娱。他还收集了家族资料，并首次研究了程的《易门家谱》。他博览群书，爱好写作，写过《闲情逸致集》等诗。清乾隆三十七年，朝廷索要遗书，他的《闲情逸致集》和孙子程宗顺的《洪范简解》《陆璐或文》都是献给皇宫的。易门陈诚家族族谱中除了宫廷收藏外，还有一些零散的遗存。其中，有一首诗《红亭旧址》:
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