IT|我们的免疫系统不是对手:冠状病毒蛋白被发现会切断关键的免疫途径( 二 )
目前获准紧急使用的一种药物通过向感染者提供Mpro抑制剂来瞄准Mpro蛋白 。既然已经观察到了NEMO的切割位置,这种抑制剂药物可以得到加强 。
"NEMO和Mpro的晶体结构为我们提供了开发阻止这些切割发生的治疗方法的目标,"SLAC的科学家和共同第一作者Mikhail Ali Hameedi说 。"尽管目前的抗病毒药物可以针对Mpro,但看到Mpro如何攻击NEMO的分子细节将有助于我们在未来Mpro变异时开发新的治疗方法 。"
寻找改进抗病毒抑制剂的方法对SARS-CoV-2尤其重要 。在冠状病毒中--包括最初的SARS-CoV和MERS-CoV病毒--SARS-CoV-2的Mpro在附着和切断NEMO方面最为有效 。研究人员说,SARS-CoV-2的Mpro比其他冠状病毒的同类病毒抓得更紧,而且可能正在切割人类宿主细胞中的数百种其他关键蛋白,例如那些与血液疾病有关的蛋白 。
为了预测Mpro与NEMO的结合程度,研究人员使用了橡树岭领导计算设施的Summit超级计算机 。他们以一种新颖的方式将分子动力学模拟与五个机器学习模型结合起来,并应用量子化学,发现与其他主要冠状病毒相比,Mpro在SARS-CoV-2中可能具有最高的结合亲和力 。在以前的研究中,这些技术帮助科学家们缩小了潜在的抗病毒抑制剂药物名单 。
"通过一套计算方法,我们能够预测NEMO和Mpro之间最强的结合点,"共同第一作者、ORNL科学家Erica Prates说 。"我们认为,这些热点的高结合亲和力有助于解释该病毒在人类中的高适应性" 。
Wakatsuki说,在未来,生物医药行业可以利用这项研究来帮助建立更好的抑制剂药物,并了解其他蛋白质如何受到Mpro的影响 。
"NEMO只是冰山一角,"他说 。他说:"我们现在可以研究当身体中的许多其他蛋白质在体内被Mpro裂解时发生了什么 。
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