2003年抗“非典”期间，66岁的刘祖贻主持了湖南省中医专家组的工作，不仅开出了药方，而且就抗疫政策多次向有关部门建言献策，为抗疫事业做出了突出贡献 。
刘祖贻的中医学说自成体系，他认为中医和西医最根本的区别是在于整体论的思维模式，中医调理主要是对人而不是对病 。 也就是说，中医是解决人的问题，而不是代替人解决病的问题 。 对于不少人把西医称之为现代医学，把中医称之为传统医学，刘祖贻不赞成这种分法 。 他认为，中医从产生的那天起，一直在传承中发展，在发展中传承，今天的中医早已不是《黄帝内经》的那个时代，它一直在发展进步 。 中医既是传统的，也是现代的，从古至今一脉相承，永续发展 。
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