为达到理想的防止效果 ， 也许需要多次使用生物类药剂和杀真菌类药剂 。 某些腐霉菌还会产生抗性 。 当使用一些化学杀虫剂效果不佳时 ， 可换用其它产品 。
2.疫霉菌
疫霉菌也广泛存在于未经杀菌处理过的土壤中 ， 也可能存在于冲洗过的细沙及某些草炭介质中 ， 为两栖性真菌 ， 兼性寄生或腐生 ， 绝大多数是兼性寄生 。 高湿环境有利于疫霉菌的生长与繁衍 ， 其孢子囊和游动孢子可经风、雨、带菌种苗、土壤及灌溉水传播 。 病菌侵入寄主植物后即可产生大量孢子囊 ， 并释放游动孢子进一步再侵染 ， 在温湿度合适的情况下 ， 病菌的数量迅速上升 ， 在极短的时间内导致病害流行 。 疫霉菌引起的根腐也通常发生在含水量大、排水性差的情况下 。
3.丝核菌
大多数的盆栽花卉容易受丝核菌的侵染产生根腐病 。 这种病菌广泛存在于未经过蒸汽消毒或药物熏蒸的土壤中 。 这种病原菌很容易通过显微镜来识别 ， 因为其菌丝分枝成典型的直角 。 尽管它不能产生可经空气传播的孢子或游动孢子 ， 但丝核菌能够产生一种坚硬的休眠状态结构 ， 叫做硬化孢子 ， 能够在植物残体或土壤中存活多年 。
丝核菌很容易通过花盆或其他设备工具从一个地方传播到其他地方 。 丝核菌能够使根系、根茎甚至地上部分都产生伤害 。 最初 ， 病根的发展是不连续的 ， 产生浅褐色到深褐色的病斑 。 随着病害的发展 ， 病斑连接到一起 ， 从而使根系腐烂死亡 。 与腐霉菌和疫霉菌引起的根腐病不同的是 ， 丝核菌根腐病不出现腐烂的根系浸满水分的特征 。 根系被侵染后 ， 病菌还会进一步向上侵染 ， 引起根茎腐烂或茎部腐烂 ， 且在病部组织常常形成纵裂 。
4.根串珠霉菌
根串珠霉菌是一种土传真菌 ， 能够侵染一些苗床植物 。 通过移栽、被污染的花盆、使用工具、未经消毒的土壤或某些类型的草炭 ， 可能使根串珠霉菌传入到温室中 。 通过显微镜 ， 可以看到根串珠霉菌能够产生念珠状的孢子 。 这些孢子很容易从一棵植株飞溅到相邻的植株上或者通过温室昆虫（包括蕈蚊等）传播 。 其休眠结构为厚垣孢子 ， 它能够长时间在土壤中存活 。 虽然很多花卉植物都会感染上由根串珠霉菌引起的根腐病 ， 但在长春花、凤仙、紫罗兰上更为常见 。 患病植株生长缓慢、叶色发黄、似缺氮症状 。 最初 ， 患病植株有很小范围的根系变色 ， 实际上 ， 如果不通过显微镜很难判断是否已经发生根腐 。 后来病株根系出现小的黑色病斑 ， 随着病情的进一步发展 ， 黑色病斑逐步扩大 。
5.细菌性软腐病
近几年来 ， 由于细菌性枯萎病与软腐病造成的损失有所增长 ， 其致病病菌主要是欧氏杆菌属的几个种类 。 细菌性软腐病能够侵染多种观赏植物 ， 但在菊花、一品红等花卉上更为常见 。 这类病害在高温高湿或栽培密度较大的条件下更易发生 。 症状主要表现为植株萎蔫或植物组织迅速腐烂 。
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