皖北为老解放区 ， 1949年初分为皖西、江淮、豫皖苏三个行政公署 ， 1949年4月撤销设皖北行署区 ， 专署驻合肥市 。 皖北行署区成立时皖南还未解放 ， “渡江战役”后解放军横扫皖南 ， 1949年5月成立皖南行署区 ， 专署驻屯溪 ， 同年7月迁驻芜湖 。 1952年 ， 皖南、皖北行署区合并设安徽省人民政府 。
行署区是建国初期短暂存在的省级行政区 ， 除了安徽分为皖南、皖北行署区外 ， 江苏也分为苏南、苏北行署区 ， 四川分为川东、川西、川南、川北四个行署区 。 行署区是省级单位 ， 辖省辖市（专级市）、专区 ， 皖南、皖北行署区时期 ， 安徽有五个省辖市 ， 其中仅一座隶属于皖南行署区 。
皖北行署区成立时 ， 省辖市有合肥市、蚌埠市 。 1949年1月21日合肥县解放 ， 2月以合肥县城及城郊设合肥市 ， 同年4月皖北行署区于合肥市成立 。 蚌埠原为凤阳县地 ， 近代因铁路而兴盛 ， 民国时曾为凤阳县治 ， 1947年正式建市 ， 蚌埠市为安徽省辖 。 1949年1月 ， 蚌埠市解放 ， 隶属于江淮区 ， 皖北行署区成立后为其所辖 。
淮南是一座新兴工矿城市 ， 近代随着煤炭资源的开发而兴盛 ， 其原为怀远、凤台、寿县等县地 ， 1949年1月淮南解放后设淮南煤矿特别行政区 ， 此为淮南的最早建制 ， 同年4月改其为淮南矿区 ， 1951年1月淮南矿区改为专区级（地级）淮南市 ， 为皖北行署区省辖市 。
安庆曾为安徽省省会 ， 1949年4月安庆解放后以怀宁县城及城郊设安庆市 ， 此时安庆市为县级市 ， 建国时由皖北行署区安庆专区管辖 。 1950年 ， 县级安庆市曾短暂撤销并入怀宁县 ， 1951年升为省辖市 。
皖南行署区成立时专署驻屯溪 ， 但屯溪市仅为县级市 ， 皖南行署区仅辖芜湖市一个专级市 。 1949年4月芜湖解放 ， 5月芜湖市成立 ， 芜湖市县分置 ， 芜湖市直属于皖南行署区 ， 芜湖县为芜当专区所辖 。 1952年 ， 皖南、皖北行署区合并为安徽省后 ， 安徽省辖市为合肥市、蚌埠市、淮南市、安庆市及芜湖市 。
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