1）木霉 ， 初期菌丝体为白色菌斑 ， 逐渐变成浅绿色 ， 最后变成深绿色、墨绿色 ， 发臭松软；子实体被污染后 ， 会导致腐烂 。
2）青霉 ， 与木耳菌丝相似 ， 后期转为绿色、蓝色或灰绿色 。 形成大小不等的菌块 ， 主要危害菌丝 ， 子实体被侵染后 ， 引起霉烂 。
3）曲霉 ， 可出现黑、黄、棕等颜色 。 多侵染培养料表面 ， 与菌丝争夺营养 ， 并有一股刺鼻的臭气 ， 子实体被侵染后 ， 造成烂耳 。
4）链孢霉 ， 产生大量桔红色粉状孢子 。 传播快 ， 侵染菌丝 ， 破坏养分 。
5）毛霉和根霉 ， 二者的形态及生理要求相似 ， 菌丝呈灰白色 ， 2～3天后 ， 菌丝顶端出现肉眼可见的黑色颗粒（即孢子囊） 。 危害菌丝体 。 各种霉菌的侵染 ， 一般发生在采收头茬耳后的耳根部位 。 应采取的防治措施是：
1）选择高产抗病菌种 。
2）保证很好的出耳环境 。 选择郁闭度适中、空气新鲜 ， 通风良好、不受粪便垃圾污染的场所 。
3）同一场地最好不要连续栽培 。 如条件不允许 ， 场地要彻底消毒 。
4）加强管理 ， 在高温高湿的条件下 ， 要注意做好通风降温和排湿工作 。
5）适时栽培和采收 ， 以当地平均气温在10℃以上就可以摆袋 。
6）发现被霉菌污染的菌袋 ， 应挖去受害部位 ， 用5％的石灰乳剂抹斑 ， 也可以用40％的甲醛液及各种有效药物处理 ， 然后隔离培养 。 对污染严重的 ， 要及时用废报纸包好 ， 尽快深埋或烧毁 。 决不能丢弃场地附近 ， 造成新的污染 。
5．2流耳流耳是细胞充分破裂的一种生理障碍现象 ， 使耳片成为浆糊状 。 此病多发生于温度高、湿度大、光照通风较差的环境中 ， 以及采收不及时受细菌和霉菌的污染造成 。
应采取的措施是：
1）栽培场地要向阳通风 ， 有一定遮阴度（六分阳、四分阴） 。
2）高温霉雨季节 ， 要挖好排水沟 ， 做好场地消毒工作 。
3）耳片快成熟时 ， 空气湿度不要超过85％ 。 耳片八九分成熟时 ， 就应采收 ， 避免成熟过度 。
【黑木耳地栽覆盖管理要点】4）发现流耳 ， 要及时把它刮去 ， 再涂以5％的石灰水 ， 若是细菌引起 ， 可用25×10-6的金霉素、青霉素或500～600倍的代森锌药液喷洒 。
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