vpa 高分期刊中频频登场的VPA分析到底是啥？( 二 )

文献应用案例
高分期刊中有VPA分析的痕迹，一般在RDA分析的基础上解释各环境因素的贡献。如图3和图4所示，各种环境因素(土壤环境因素、气候环境因素、地理因素等)的贡献。)对我国农田生态系统中农田土壤古细菌多样性的变异变异数据进行了研究，结果显示了不同种植系统中微生物受环境因素的影响程度和各种环境因素的贡献程度。在VPA研究结论的基础上，结合群落功能分析和多样性分析，可以深入探讨环境因素对群落功能和植物产量变化的影响机制。

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图3 VPA分析案例1(微生物组，2019) [2]

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图4 VPA分析案例2(微生物组，2018) [3]
VPA分析工具
1)R语言
R语言素食包中的Varpart函数可以用来实现环境因素的VPA分析。这种方法的缺点是学习理论和探索编程代码需要很长时间。
2)云平台在线分析
吉迪恩生物在线分析平台Omicsmart，您可以从机下导入原始读取数据和环境因子数据，通过一键操作进行社区环境因子分析。
地址:www.omicsmart.com
图形显示模式
VPA分析有两种常见的图形表示形式:维恩图和直方图。当需要初步筛选对群落变化贡献较大的环境因子时，可以以直方图的形式呈现，剔除对群落贡献较小的环境因子，简化环境因子-群落模型。如上所述，当环境因素的数量控制在合理的范围内(2-4组)时，文氏图可以直接显示每组环境因素的独立贡献度和共同贡献度。

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图5 VPA直方图(来自omicsmart云平台)

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图6 VPA维恩图(来自奥米思马特云平台)
引用
[2]焦，s，徐，y，张，j .等.环境过滤驱动着旱地和湿地农业生态系统之间不同的土壤古细菌大陆图谱.微生物组7，15 (2019)。
【vpa 高分期刊中频频登场的VPA分析到底是啥？】[3]李，王红，王红，王红，等.水稻土溶解性有机质的化学多样性与陆相尺度微生物群落相关.微生物组6，187 (2018)。